Mechanizmu podzielonej płatności polega na tym, że zapłata za towar lub usługę może być dokonana na konto VAT dostawcy, na które zostanie przekazana kwota podatku VAT oraz konto rozliczeniowe dostawcy, na które zostanie przekazana kwota netto. Stosowanie metody split payment nie jest obowiązkowe i może dotyczyć wybranych kontrahentów lub dokumentów. Na kartotece kontrahenta w zakładce Płatności pojawił się parametr Split payment, którego zaznaczenie powoduje, że płatności złotówkowe trafiające do rejestru bankowego mają automatycznie ustawioną metodę podzielonej płatności. Aby móc zaznaczyć ten parametr kontrahent musi mieć status Podmiot gospodarczy (Zakładka Handlowe) oraz parametr Nie rozliczaj płatności jest niezaznaczony. W programie Comarch ERP Optima od wersji 2018.6 można parametr Split payment zaznaczać indywidualnie dla każdego kontrahenta lub zastosować operację seryjną Zmień warunki płatności dla zaznaczonych kontrahentów.
Następnie należy zaznaczyć opcję Zmień ustawienia parametru oraz Split payment.